เรื่องราวกล่าวถึงปี ค.ศ.2015 ที่ได้มาถึงยุคปลายของศาสตร์การใช้เวทย์มนต์ “คาร์เดีย” องค์กรรักษาความสงบผู้มีหน้าที่ปกป้องสมดุลของโลกใบนี้ พวกเขาสามารถรับรู้ถึงการมีอยู่ของ “เวทย์มนต์” จากเหตุการณ์ “สงครามจอกศักดิ์สิทธิ์” เคยเกิดขึ้นที่มาแล้วในเมืองฟุยุกิของญี่ปุ่น (ภาค Fate/Stay Night) เพื่อยับยั้งภัยพิบัติจากสงครามจอมเวทย์… องค์กรคาร์เดียจึงต้องออกตามหาร่องรอยของจอกศักดิ์สิทธิ์ที่จะเกิดขึ้นครั้งต่อไป